La série débute trois mois après la victoire de l'équipe de football du collège Raimon au tournoi de la Route du Sacre. Durant ces derniers mois, Arion Sherwind participa à un programme mis en place par Axel Blaze, afin de diffuser le vrai football à travers le Japon, notamment à Okinawa. Il retourne au collège Raimon. Il remarque toutefois que plusieurs choses ont changées. Les membres de l'équipe de football de Raimon sont dans divers clubs, tels que le club de musique ou le club de rugby entre autres. Jean-Pierre Lapin est dans le club de tennis de table, pendant que Skie Blue est dans le club de calligraphie. Il s'avère que le club de football de Raimon n'existe pas. S'agit-il d'un monde parallèle ? Arion se le demande.
Un bon nombre de nouvelles Supertechniques ont fait leurs débuts dans cette série, bien que d'anciennes Supertechniques des séries précédentes resurgissent. Elles sont toujours divisées en quatre classifications : Tir, Attaque, Défense, Gardien/Arrêt.
Les "Esprits Guerriers" réapparaissent dans cette série. Il s'agit de la personnification de la force intérieure de chaque joueur. Certaines personnes peuvent fusionner avec leur Esprit Guerrier, passant en mode Armure.
Les "Mixi Max" font leur apparition dans cette série. Cette caractéristique consiste à faire fusionner l'aura d'un joueur avec celle d'une autre personne, d'un dinosaure ou même d'un ouragan pour augmenter ses performances et capacités.
À l'instar des séries précédentes, cette série eut droit à une adaptation sur le grand écran. Cette fois-ci, l'univers de la série Inazuma Eleven GO Chrono Stone rencontre celui de la série Danball Senki W, la suite de la série LBX inédite en France. L'intrigue de ce film se déroule dans un monde parallèle, après que l'équipe de Raimon a rencontré Liu Bei et Zhuge Liang en Chine, à l'époque des Trois Royaumes. L'équipe Néo Inazuma Japon affronta l'équipe Inazuma Japon Évolution durant un match amical au Stade de la Route du Sacre. Le match fut interrompu à cause de l'arrivée d'un certain Aster et d'une armée de LBX, qui prit d'assaut le stade.
La série Inazuma Eleven GO Galaxy commence quelques mois après le tournoi Ragnarok, qui s'est déroulé à Centrado, 200 ans dans le futur. Le tournoi Football Frontier International Vision 2 (parfois abrégé FFIV2) est sur le point de débuter. Arion Sherwind et ses amis Riccardo Di Rigo et Victor Blade furent sélectionnés pour faire partie de l'équipe Inazuma National. Pendant qu'il s'attendaient à jouer dans cette équipe avec leurs coéquipiers de l'équipe de football de Raimon, l'entraineur Astero Black recruta huit autres joueurs, qui s'avèrent n'avoir jamais joué au football. Pour quelle raison l'entraineur Black a-t-il choisi ces joueurs-là ? Qui est-il vraiment ?
